La edificación fue fundada como una casa de asilo en 1683.
Se le conoció como El Recogimiento de San Miguel de Bethlem para mujeres pobres, viudas y solteras.
Al inicio albergó solo a 2 mujeres, al siguiente año ya eran 50 y aumentaron, hasta llegar a más de 300; se sostenía gracias al patrocinio de Juan Pérez Gallardo y Juan Chavarría Valera.
Con el tiempo, la casa decayó y el recinto albergó a las religiosas de Santa Brígida, y en 1751 se convirtió en el Colegio de Niñas de San Miguel de Bethlem.
La institución fue clausurada ya en el siglo XIX por las Leyes de Reforma en 1862, dándose el edificio como pago al Ayuntamiento de la Ciudad.
Para sustituir a la ya poco funcional cárcel de La Acordada que se hallaba frente a La Alameda, se eligió el lugar de Belén para una nueva prisión a la que se trasladaron a los reos en enero de 1863.
La prisión tenía un cupo máximo de 600 internos; para 1879 había 2,000, entre ellos 300 mujeres, y en 1890 eran 7,000.
A la Cárcel se le construyeron nuevos espacios; por ejemplo, el "Departamento de los Pericos" para adolescentes, otro estaba formado por celdas que los reos alquilaban si podían pagarlas.
El número total de secciones del edificio contaba con 116 piezas, cabían; los talleres, la escuela, la enfermaría, la cocina, un cuarto de Archivo y otro para el jefe de vigilancia.
Debido al siniestro hacinamiento y las condiciones insalubres, las enfermedades proliferaron; las más comunes eran la sarna, las venéreas, la anemia, el escorbuto, y las estomacales
A los presos, por la mañana y por la tarde se les daba atole y un pambazo, y al medio día un caldo detestable, una sopa de arroz, dos piezas de pan y un pedazo de carne o hueso.
Para las labores de limpieza de los talleres se ocupaban alrededor de 300 presos. El trabajo no era obligatorio y prevalecía la ociosidad.
En el año 1887, había en esa cárcel 1432 personas presas, 1119 varones y 313 mujeres con sus hijos. No había camas ni catres, dormían en el suelo sobre cartones o petates; andaban en harapos, pues la prisión no los dotaba de vestimenta.
La Cárcel funcionó hasta que el 29 de septiembre de 1900, se inauguró la cárcel de Lecumberri y los presos fueron trasladados a la nueva penitenciaría.
En 1933, el edificio de Belem se demolió y un año después se construyó el Centro Escolar Revolución, inaugurado por el presidente Abelardo L. Rodríguez.
Quedó Belem como un recuerdo siniestro en los anales penitenciarios.
