Los tres parques nacionales de índole federal que existen en el estado como Los Mármoles, Tula y El Chico se ubican como el principal pulmón de la entidad, los cuales proporcionan cerca de una tercera parte de la biodiversidad del estado, de acuerdo con datos de la Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad (Conabio).
El reporte federal reveló que las zonas naturales federales de la entidad cuentan con una amplia variedad forestal que permite la proliferación de distintas especies de fauna en el estado, contrario a la degradación forestal que se ha registrado en distintos municipios como el área metropolitana de Pachuca.
De acuerdo con la Conabio, Hidalgo se ubica en el décimo cuarto lugar a nivel nacional en cuanto a biodiversidad, sin embargo, ha disminuido la cantidad de especies endémicas que radican en la entidad en las últimas tres décadas, lo que ha reducido el porcentaje de acumulación de especies endémicas.
La Conabio detalló que el estado cuenta con 36 áreas naturales protegidas consideradas como competencia local, así como tres sitios que concentran altos humedales de importancia internacional.